diff --git a/vignettes/data-for-vignettes/data_table_dlstats.csv b/vignettes/data-for-vignettes/data_table_dlstats.csv
index d2bebc2..5f3cdb4 100644
--- a/vignettes/data-for-vignettes/data_table_dlstats.csv
+++ b/vignettes/data-for-vignettes/data_table_dlstats.csv
@@ -124,4 +124,7 @@ start;end;downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;845520;data.table
2024-04-01;2024-04-30;886330;data.table
2024-05-01;2024-05-31;846726;data.table
-2024-06-01;2024-06-26;550578;data.table
+2024-06-01;2024-06-30;677560;data.table
+2024-07-01;2024-07-31;698441;data.table
+2024-08-01;2024-08-31;749291;data.table
+2024-09-01;2024-09-26;729796;data.table
diff --git a/vignettes/data-for-vignettes/get-data-for-vignettes.R b/vignettes/data-for-vignettes/get-data-for-vignettes.R
index 189dbc3..010dbe6 100644
--- a/vignettes/data-for-vignettes/get-data-for-vignettes.R
+++ b/vignettes/data-for-vignettes/get-data-for-vignettes.R
@@ -8,7 +8,7 @@ rm(package_list)
dlstats::set_cran_start_year(2014)
-rJava_dependants <- devtools::revdep("rJava", dependencies = c("Imports", "Depends"), bioconductor = FALSE)
+rJava_dependants <- devtools::revdep("rJava", dependencies = c("Imports", "Depends"), bioconductor = TRUE)
rJava_dlstats <- dlstats::cran_stats("rJava", use_cache = FALSE)
rJava_dependants_dlstats_cran <- dlstats::cran_stats(rJava_dependants, use_cache = FALSE)
diff --git a/vignettes/data-for-vignettes/ggplot2_dlstats.csv b/vignettes/data-for-vignettes/ggplot2_dlstats.csv
index 8f3779c..c6e23d2 100644
--- a/vignettes/data-for-vignettes/ggplot2_dlstats.csv
+++ b/vignettes/data-for-vignettes/ggplot2_dlstats.csv
@@ -124,4 +124,7 @@ start;end;downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;2469492;ggplot2
2024-04-01;2024-04-30;1932736;ggplot2
2024-05-01;2024-05-31;1891742;ggplot2
-2024-06-01;2024-06-26;1302455;ggplot2
+2024-06-01;2024-06-30;1599144;ggplot2
+2024-07-01;2024-07-31;1536478;ggplot2
+2024-08-01;2024-08-31;1458005;ggplot2
+2024-09-01;2024-09-26;1329676;ggplot2
diff --git a/vignettes/data-for-vignettes/produce-graphs-for-why-rJavaEnv.R b/vignettes/data-for-vignettes/produce-graphs-for-why-rJavaEnv.R
index b448dc9..f80c448 100644
--- a/vignettes/data-for-vignettes/produce-graphs-for-why-rJavaEnv.R
+++ b/vignettes/data-for-vignettes/produce-graphs-for-why-rJavaEnv.R
@@ -11,7 +11,7 @@ rJava_dependants_dlstats_bioc <- readr::read_csv2("vignettes/data-for-vignettes/
data_table_dlstats <- readr::read_csv2("vignettes/data-for-vignettes/data_table_dlstats.csv")
ggplot2_dlstats <- readr::read_csv2("vignettes/data-for-vignettes/ggplot2_dlstats.csv")
-cutoff_date <- "2024-05-31"
+cutoff_date <- "2024-09-26"
rj_and_rj_dep_total_down <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
rbind(rJava_dlstats) |>
@@ -69,15 +69,21 @@ rJavaPopularity_GTable <- ggplot_gtable(ggplot_build(p_rJavaPopularity))
rJavaPopularity_GTable$layout$clip[rJavaPopularity_GTable$layout$name == "panel"] <- "off"
# Draw the plot
-p_rJavaPopularity_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaPopularity.png"
-if ( ! file.exists(p_rJavaPopularity_filepath) ) {
- dir.create(dirname(p_rJavaPopularity_filepath), recursive = TRUE)
- png(p_rJavaPopularity_filepath, width = 12, height = 6, units = "in", res = 300)
- grid::grid.draw(rJavaPopularity_GTable)
- dev.off()
-}
+p_rJavaPopularity_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaPopularity.svg"
+dir.create(dirname(p_rJavaPopularity_filepath), recursive = TRUE)
+svg(p_rJavaPopularity_filepath, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(rJavaPopularity_GTable)
+dev.off()
+
+# resmush::resmush_file(p_rJavaPopularity_filepath, overwrite = TRUE)
+
+p_rJavaPopularity_filepath_pdf <- "vignettes/media/images/rJavaPopularity.pdf"
+dir.create(dirname(p_rJavaPopularity_filepath_pdf), recursive = TRUE)
+cairo_pdf(p_rJavaPopularity_filepath_pdf, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(rJavaPopularity_GTable)
+dev.off()
+
-resmush::resmush_file(p_rJavaPopularity_filepath, overwrite = TRUE)
@@ -97,22 +103,21 @@ p_rJavaDepIndivAll <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
color = "Package")
# Draw the plot
-p_rJavaDepIndivAll_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivAll.png"
-if ( ! file.exists(p_rJavaDepIndivAll_filepath) ) {
- dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivAll_filepath), recursive = TRUE)
- png(p_rJavaDepIndivAll_filepath, width = 12, height = 6, units = "in", res = 300)
- grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivAll)
- dev.off()
-}
+p_rJavaDepIndivAll_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivAll.svg"
+dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivAll_filepath), recursive = TRUE)
+svg(p_rJavaDepIndivAll_filepath, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivAll)
+dev.off()
+
-resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivAll_filepath, overwrite = TRUE)
+# resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivAll_filepath, overwrite = TRUE)
# top 20 rJava-dependent packages without xlsx -----------------------------------------
p_rJavaDepIndivFiltered <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
filter(! package %in% c("xlsx", "xlsxjars") ) |>
filter(! grepl("jars$", package)) |>
- filter(end >= "2023-05-01") |>
+ filter(end >= "2023-09-26") |>
group_by(package) |>
summarise(downloads = sum(downloads, na.rm = T), .groups = "drop") |>
arrange(desc(downloads)) |>
@@ -128,27 +133,25 @@ p_rJavaDepIndivFiltered <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
# gghighlight(max(downloads), max_highlight = 6L) +
theme_pubclean(base_size = 18) +
labs(title = "Top rJava-based Package Downloads",
- subtitle = "Over the Last Year (May 2023 - May 2024)",
+ subtitle = "Over the Last Year (September 2023 - September 2024)",
x = "Total dowloads",
y = "")
# Draw the plot
-# Draw the plot
-p_rJavaDepIndivFiltered_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivFiltered.png"
-if ( ! file.exists(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath) ) {
- dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath), recursive = TRUE)
- png(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, width = 12, height = 6, units = "in", res = 300)
- grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivFiltered)
- dev.off()
-}
+p_rJavaDepIndivFiltered_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivFiltered.svg"
+dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath), recursive = TRUE)
+svg(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivFiltered)
+dev.off()
+
-resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, overwrite = TRUE)
+# resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, overwrite = TRUE)
# top 20 rJava-dependent packages with xlsx -----------------------------------------
p_rJavaDepIndivFilteredXslx <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
filter(! grepl("jars$", package)) |>
- filter(end >= "2023-05-01") |>
+ filter(end >= "2023-09-26") |>
group_by(package) |>
summarise(downloads = sum(downloads, na.rm = T), .groups = "drop") |>
arrange(desc(downloads)) |>
@@ -164,18 +167,17 @@ p_rJavaDepIndivFilteredXslx <- rJava_dependants_dlstats_cran |>
# gghighlight(max(downloads), max_highlight = 6L) +
theme_pubclean(base_size = 18) +
labs(title = "Top rJava-based Package Downloads",
- subtitle = "Over the Last Year (May 2023 - May 2024)",
+ subtitle = "Over the Last Year (September 2023 - September 2024)",
x = "Total dowloads",
y = "")
+
# Draw the plot
-# Draw the plot
-p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivFilteredXslx.png"
-if ( ! file.exists(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath) ) {
- dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath), recursive = TRUE)
- png(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath, width = 12, height = 6, units = "in", res = 300)
- grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivFilteredXslx)
- dev.off()
-}
+p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath <- "vignettes/media/images/rJavaDepIndivFilteredXslx.svg"
+dir.create(dirname(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath), recursive = TRUE)
+svg(p_rJavaDepIndivFilteredXslx_filepath, width = 12, height = 6)
+grid::grid.draw(p_rJavaDepIndivFilteredXslx)
+dev.off()
+
-resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, overwrite = TRUE)
+# resmush::resmush_file(p_rJavaDepIndivFiltered_filepath, overwrite = TRUE)
diff --git a/vignettes/data-for-vignettes/rJava_dependants_dlstats_bioc.csv b/vignettes/data-for-vignettes/rJava_dependants_dlstats_bioc.csv
index 255bc22..d6201ec 100644
--- a/vignettes/data-for-vignettes/rJava_dependants_dlstats_bioc.csv
+++ b/vignettes/data-for-vignettes/rJava_dependants_dlstats_bioc.csv
@@ -115,7 +115,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;87;133;BridgeDbR
2024-04-01;2024-04-30;132;414;BridgeDbR
2024-05-01;2024-05-31;115;421;BridgeDbR
-2024-06-01;2024-06-26;69;590;BridgeDbR
+2024-06-01;2024-06-30;81;616;BridgeDbR
+2024-07-01;2024-07-31;77;157;BridgeDbR
+2024-08-01;2024-08-31;92;162;BridgeDbR
+2024-09-01;2024-09-26;150;232;BridgeDbR
2016-04-01;2016-04-30;8;12;CHRONOS
2016-05-01;2016-05-31;73;99;CHRONOS
2016-06-01;2016-06-30;88;128;CHRONOS
@@ -214,7 +217,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;96;156;CHRONOS
2024-04-01;2024-04-30;119;412;CHRONOS
2024-05-01;2024-05-31;91;404;CHRONOS
-2024-06-01;2024-06-26;45;564;CHRONOS
+2024-06-01;2024-06-30;56;591;CHRONOS
+2024-07-01;2024-07-31;127;229;CHRONOS
+2024-08-01;2024-08-31;97;179;CHRONOS
+2024-09-01;2024-09-26;128;236;CHRONOS
2019-09-01;2019-09-30;1;1;debCAM
2019-10-01;2019-10-31;5;12;debCAM
2019-11-01;2019-11-30;17;58;debCAM
@@ -272,7 +278,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;81;184;debCAM
2024-04-01;2024-04-30;83;422;debCAM
2024-05-01;2024-05-31;98;476;debCAM
-2024-06-01;2024-06-26;58;669;debCAM
+2024-06-01;2024-06-30;68;716;debCAM
+2024-07-01;2024-07-31;71;286;debCAM
+2024-08-01;2024-08-31;77;259;debCAM
+2024-09-01;2024-09-26;144;368;debCAM
2017-10-01;2017-10-31;2;2;esATAC
2017-11-01;2017-11-30;51;113;esATAC
2017-12-01;2017-12-31;70;126;esATAC
@@ -353,7 +362,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;173;270;esATAC
2024-04-01;2024-04-30;209;508;esATAC
2024-05-01;2024-05-31;122;480;esATAC
-2024-06-01;2024-06-26;71;611;esATAC
+2024-06-01;2024-06-30;85;644;esATAC
+2024-07-01;2024-07-31;61;182;esATAC
+2024-08-01;2024-08-31;109;190;esATAC
+2024-09-01;2024-09-26;176;317;esATAC
2022-04-01;2022-04-30;22;25;fastreeR
2022-05-01;2022-05-31;51;69;fastreeR
2022-06-01;2022-06-30;34;44;fastreeR
@@ -380,7 +392,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;86;130;fastreeR
2024-04-01;2024-04-30;110;390;fastreeR
2024-05-01;2024-05-31;128;459;fastreeR
-2024-06-01;2024-06-26;65;572;fastreeR
+2024-06-01;2024-06-30;78;604;fastreeR
+2024-07-01;2024-07-31;89;188;fastreeR
+2024-08-01;2024-08-31;95;185;fastreeR
+2024-09-01;2024-09-26;108;183;fastreeR
2022-10-01;2022-10-31;1;1;metabinR
2022-11-01;2022-11-30;46;61;metabinR
2022-12-01;2022-12-31;24;36;metabinR
@@ -401,7 +416,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;40;61;metabinR
2024-04-01;2024-04-30;63;324;metabinR
2024-05-01;2024-05-31;83;389;metabinR
-2024-06-01;2024-06-26;46;526;metabinR
+2024-06-01;2024-06-30;53;545;metabinR
+2024-07-01;2024-07-31;47;116;metabinR
+2024-08-01;2024-08-31;54;101;metabinR
+2024-09-01;2024-09-26;81;148;metabinR
2014-10-01;2014-10-31;73;108;paxtoolsr
2014-11-01;2014-11-30;172;261;paxtoolsr
2014-12-01;2014-12-31;151;198;paxtoolsr
@@ -518,7 +536,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;105;176;paxtoolsr
2024-04-01;2024-04-30;104;330;paxtoolsr
2024-05-01;2024-05-31;33;91;paxtoolsr
-2024-06-01;2024-06-26;122;698;paxtoolsr
+2024-06-01;2024-06-30;136;731;paxtoolsr
+2024-07-01;2024-07-31;146;372;paxtoolsr
+2024-08-01;2024-08-31;182;333;paxtoolsr
+2024-09-01;2024-09-26;224;390;paxtoolsr
2023-01-01;2023-01-31;3;3;RBioFormats
2023-02-01;2023-02-28;8;13;RBioFormats
2023-03-01;2023-03-31;12;18;RBioFormats
@@ -536,7 +557,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;283;363;RBioFormats
2024-04-01;2024-04-30;183;516;RBioFormats
2024-05-01;2024-05-31;208;553;RBioFormats
-2024-06-01;2024-06-26;133;668;RBioFormats
+2024-06-01;2024-06-30;155;711;RBioFormats
+2024-07-01;2024-07-31;157;279;RBioFormats
+2024-08-01;2024-08-31;170;264;RBioFormats
+2024-09-01;2024-09-26;147;262;RBioFormats
2011-11-01;2011-11-30;35;64;ReQON
2011-12-01;2011-12-31;29;34;ReQON
2012-01-01;2012-01-31;59;85;ReQON
@@ -688,7 +712,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;104;221;ReQON
2024-04-01;2024-04-30;151;381;ReQON
2024-05-01;2024-05-31;20;89;ReQON
-2024-06-01;2024-06-26;5;51;ReQON
+2024-06-01;2024-06-30;5;55;ReQON
+2024-07-01;2024-07-31;16;33;ReQON
+2024-08-01;2024-08-31;76;122;ReQON
+2024-09-01;2024-09-26;86;144;ReQON
2018-01-01;2018-01-31;4;7;RGMQL
2018-02-01;2018-02-28;11;12;RGMQL
2018-03-01;2018-03-31;13;14;RGMQL
@@ -766,7 +793,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;83;137;RGMQL
2024-04-01;2024-04-30;209;613;RGMQL
2024-05-01;2024-05-31;58;394;RGMQL
-2024-06-01;2024-06-26;35;553;RGMQL
+2024-06-01;2024-06-30;42;576;RGMQL
+2024-07-01;2024-07-31;37;126;RGMQL
+2024-08-01;2024-08-31;66;159;RGMQL
+2024-09-01;2024-09-26;123;235;RGMQL
2019-02-01;2019-02-28;1;1;rmelting
2019-03-01;2019-03-31;21;24;rmelting
2019-04-01;2019-04-30;11;17;rmelting
@@ -831,7 +861,10 @@ start;end;Nb_of_distinct_IPs;Nb_of_downloads;package
2024-03-01;2024-03-31;57;89;rmelting
2024-04-01;2024-04-30;120;393;rmelting
2024-05-01;2024-05-31;101;412;rmelting
-2024-06-01;2024-06-26;65;554;rmelting
+2024-06-01;2024-06-30;79;586;rmelting
+2024-07-01;2024-07-31;58;143;rmelting
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diff --git a/vignettes/media/images/rJavaPopularity.svg b/vignettes/media/images/rJavaPopularity.svg
new file mode 100644
index 0000000..8d834f7
--- /dev/null
+++ b/vignettes/media/images/rJavaPopularity.svg
@@ -0,0 +1,613 @@
+
+
diff --git a/vignettes/why-rJavaEnv.qmd b/vignettes/why-rJavaEnv.qmd
index 5ad66a1..00c14c0 100644
--- a/vignettes/why-rJavaEnv.qmd
+++ b/vignettes/why-rJavaEnv.qmd
@@ -15,9 +15,9 @@ format:
# Overall popularity of Java-dependent R packages
-While not as popular as widely known and highly popular ggplot2 and data.table packages, and rJava-dependent packages (104 on CRAN and another 14 on Bioconductor) (and consequently, rJava itself ) are widely used in the R community (see @fig-rJavaPopularity). The rJava [@rjava] itself was downloaded 198,761 times in May, 2024. The total number of downloads for rJava-dependent packages was 301,259 on CRAN and 5,368 on Bioconductor. To put this into context, ggplot2 was downloaded 1,891,742 times and data.table was downloaded 846,726 times in May, 2024. So rJava-based packages collectively are 6.3 times less popular than ggplot2, but they have a noticeable number of users.
+While not as popular as widely known and highly popular ggplot2 and data.table packages, and rJava-dependent packages (104 on CRAN and another 14 on Bioconductor) (and consequently, rJava itself ) are widely used in the R community (see @fig-rJavaPopularity). The rJava [@rjava] itself was downloaded 107,725 times in September, 2024. The total number of downloads for rJava-dependent packages was 178,185 on CRAN and 3,565 on Bioconductor. To put this into context, ggplot2 was downloaded 1,329,676 times and data.table was downloaded 729,796 times in September, 2024. So rJava-based packages collectively are 7.5 times less popular than ggplot2, but they have a noticeable number of users.
-{#fig-rJavaPopularity}
+{#fig-rJavaPopularity width="100%"}
Note that the analysis above only covers packages that are available on CRAN and Bioconductor and only those that explicitly depend on the `rJava` package. There are other packages that use `Java` but do not depend on the `rJava` package. For example, the [`{opentripplanner}`](https://github.com/ropensci/opentripplanner){target="_blank"} package also relies on underlying Java-based software but calls it from the command line. This, however, also requires system environment variables to be set up correctly.
@@ -28,7 +28,7 @@ Identifying packages such as `opentripplanner` is more complicated, as they do n
If we zoom in to the individual `rJava`-dependent packages, we will see in @fig-rJavaDepIndivAll, that most downloads are generated by `xlsx` and its "companion" `xlsxjars`.
-{#fig-rJavaDepIndivAll}
+{#fig-rJavaDepIndivAll width="100%"}
If we remove `xlsx` (and `xlsxjars`) as an outlier, we will see in @fig-rJavaDepIndivFiltered), that top packages are:
@@ -41,7 +41,7 @@ If we remove `xlsx` (and `xlsxjars`) as an outlier, we will see in @fig-rJavaDep
- [`RWeka`](https://doi.org/10.32614/CRAN.package.RWeka){target="_blank"}, R interface to Weka. Weka itself *"is a collection of machine learning algorithms for data mining tasks written in Java*" [@rweka]. StackOverflow [discussions](https://stackoverflow.com/questions/40752070/issues-installing-rweka){target="_blank"} related to Java version issues.
-{#fig-rJavaDepIndivFiltered}
+{#fig-rJavaDepIndivFiltered width="100%"}
Some other packages: