Por medio de esta unidad se aprenderá a utilizar las herramientas bioninformáticas para lleavar a cabo el procesamiento inicial de datos de RNA-Seq, las cuales son:
- FastQC
- Trimmomatic
- Kallisto
Dentro de la carpeta de trabajo bioinformatics_express se van a crear una carpeta llammada tools en donde guarderemos todas las herramientas y así facilitar su localización y uso.
1. FastQC
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Acceder a la liga de descarga : https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
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Ubicar dentro de la página la sección que muestra a continuación, descargar la opción: FastqQC (Win/Linux zip file).
- Una vez descargado el archivo .zip moverlo a la carpeta tools.
- Descomprimir el archivo dentro de esa misma carpeta.
- Eliminar el archivo .zip.
2. Trimmomatic
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Acceder a la liga de derscarga: http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
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Ubicar la opción de descarga que se muestra a continuación, descargar la opción que dice binary.
- Una vez descargado el archivo .zip moverlo a la carpeta tools.
- Descomprimir el archivo dentro de esa misma carpeta.
- Eliminar el archivo .zip.
3. Kallisto
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Acceder a la liga de derscarga: https://pachterlab.github.io/kallisto/download.html
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Ubicar la opción de descarga que se muestra a continuación, descargar la opción correspondiente para Windows.
- Una vez descargado el archivo .zip moverlo a la carpeta tools.
- Descomprimir el archivo dentro de esa misma carpeta.
- Eliminar el archivo .zip.
La instalación en el sistema operativo macOS es muy similar al de windows. La principal diferencia es que seguramente será necesario instalar la última versión de Java JDK como prerequisito antes de poder usar el software. Debemos hacerlo así:
0. Java JDK
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Acceder a la liga de descarga : https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#jdk22-mac
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Ubicar la opción de descarga que se muestra a continuación, descargar la opción que dice AMD64 DMG Installer si tienes una Mac con procesador Apple silicon (M1-3) o bien el que dice x64 DMG Installer si tienes una Mac con procesador Intel.
- Una vez descargado el archivo .dmg darle doble click para montar el disco virtual. Una ventana emergerá en el Finder:
- Doble click al archivo .pkg que está adentro y sigue las instrucciones de instalación.
- Eliminar el archivo .dmg.
Ahora sí instalemos las herramientas en Mac:
1. FastQC
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Acceder a la liga de descarga : https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
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Ubicar dentro de la página la sección que muestra en a continuación, descargar la opción: FastqQC (Mac DMG image).
- Una vez descargado el archivo .dmg darle doble click para montar el disco virtual. Una ventana emergerá en el Finder:
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Copia y pega o arrastra el icono de FastQC.app a tu carpeta tools.
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Eliminar el archivo .dmg.
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En algún paso siguiente del curso tendrás que usar esta ruta en la terminal:
/ruta/a/bioinformatics_express/tools/FastQC.app/Contents/MacOS/fastqc
No olvides sustituir donde dice “ruta a” por la ruta verdadera.
2. Trimmomatic
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Acceder a la liga de derscarga: http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
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Ubicar la opción de descarga que se muestra a continuación, descargar la opción que dice binary.
- Una vez descargado el archivo .zip moverlo a la carpeta tools.
- Descomprimir el archivo dentro de esa misma carpeta.
- Eliminar el archivo .zip.
3. Kallisto
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Acceder a la liga de derscarga: https://pachterlab.github.io/kallisto/download.html
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Ubicar la opción de descarga que se muestra a continuación, descargar la opción correspondiente para Mac.
- Una vez descargado el archivo .zip moverlo a la carpeta tools.
- Descomprimir el archivo dentro de esa misma carpeta.
- Eliminar el archivo .zip.