fix Dockerfile by adding libpugixml1v5

[MauroLeidi]

After building the image and trying to use the library I encounter an error: (step to reproduce)
% docker build -t siemens_to_ismrmrd_image .
% docker run -it siemens_to_ismrmrd_image /bin/bash
root@e8fb57b6c3b9:/# siemens_to_ismrmrd
siemens_to_ismrmrd: error while loading shared libraries: libpugixml.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

I fixed the error by adding libpugixml1v5 in the second stage of the building process. Now running the same code results in:
% docker build -t siemens_to_ismrmrd_image .
% docker run -it siemens_to_ismrmrd_image /bin/bash
root@c5f0bf7c81bb:/# siemens_to_ismrmrd
Missing Siemens DAT filename
Allowed options:
-h [ --help ] Produce HELP message
-v [ --version ] Prints converter version and ISMRMRD version
-f [ --file ]
-z [ --measNum ]
-Z [ --allMeas ]
-M [ --multiMeasFile ]
--skipSyncData <Skip syncdata (PMU) conversion>
--attachTrajectory
-m [ --pMap ]
-x [ --pMapStyle ]
-o [ --output ]
-g [ --outputGroup ]
-l [ --list ]
-e [ --extract ]
-X [ --debug ]
-F [ --flashPatRef ]
-H [ --headerOnly ] <HEADER ONLY flag (create xml header only)>
-B [ --bufferAppend ]
--studyDate <User can supply study date, in the format of
yyyy-mm-dd>

[cenarius1985]

te dejo mi dockerfile:

Primera fase: ismrmrd_base

FROM ubuntu:22.04 as ismrmrd_base

ARG DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
ENV TZ=America/Chicago

Instalar las dependencias necesarias, incluidas las bibliotecas de desarrollo y herramientas de compilación

RUN apt-get update && apt-get install -y git cmake g++ libhdf5-dev libxml2-dev libxslt1-dev libboost-all-dev xsdcxx libxerces-c-dev libtinyxml-dev libpugixml-dev libhdf5-serial-dev h5utils hdf5-tools

RUN mkdir -p /opt/code

Crear directorio para siemens_to_ismrmrd y copiar el contenido

RUN mkdir -p /opt/code/siemens_to_ismrmrd
COPY . /opt/code/siemens_to_ismrmrd/

Clonar y compilar la biblioteca ISMRMRD

RUN cd /opt/code &&
git clone https://github.com/ismrmrd/ismrmrd.git &&
cd ismrmrd &&
git checkout $(cat /opt/code/siemens_to_ismrmrd/dependencies/ismrmrd | xargs) &&
mkdir build &&
cd build &&
cmake .. &&
make -j $(nproc) &&
make install

Compilar el convertidor siemens_to_ismrmrd

RUN cd /opt/code/siemens_to_ismrmrd &&
mkdir build &&
cd build &&
cmake .. &&
make -j $(nproc) &&
make install

Crear un archivo comprimido con las bibliotecas de ISMRMRD para la siguiente fase

RUN cd /usr/local/lib && tar -czvf libismrmrd.tar.gz libismrmrd*

Segunda fase: imagen ligera con las dependencias mínimas

FROM ubuntu:22.04

Instalar las dependencias mínimas necesarias para ejecutar el convertidor y las bibliotecas ISMRMRD

RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends libxslt1.1 libhdf5-dev libxerces-c-dev libboost-all-dev libpugixml1v5 && apt-get clean && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

Copiar el binario de siemens_to_ismrmrd y las bibliotecas de la fase anterior

COPY --from=ismrmrd_base /usr/local/bin/siemens_to_ismrmrd /usr/local/bin/siemens_to_ismrmrd
COPY --from=ismrmrd_base /usr/local/lib/libismrmrd.tar.gz /usr/local/lib/

Descomprimir las bibliotecas de ISMRMRD y ejecutar ldconfig para actualizar las referencias de las bibliotecas

RUN cd /usr/local/lib && tar -zxvf libismrmrd.tar.gz && rm libismrmrd.tar.gz && ldconfig

[cenarius1985]

automate the process by means of a bat file and rebuild in batches: @echo off
REM Habilitar expansión de variables retardada
setlocal enabledelayedexpansion

REM Directorios para los archivos de entrada y salida
set input_dir=C:\Users\Ferna\Documentos\GitHub\siemens_to_ismrmrd\Conversion_dat_mrd
set output_dir=C:\Users\Ferna\Documentos\GitHub\siemens_to_ismrmrd\Conversion_dat_mrd

REM Directorio para guardar los archivos XML/XSL extraídos
set parameter_maps_dir=C:\Users\Ferna\Documentos\GitHub\siemens_to_ismrmrd\parameter_maps

REM Extraer el archivo incrustado IsmrmrdParameterMap_Siemens_NX.xsl si aún no está extraído
if not exist "%parameter_maps_dir%\IsmrmrdParameterMap_Siemens_NX.xsl" (
echo Extrayendo IsmrmrdParameterMap_Siemens_NX.xsl...
docker run --rm ^
siemenstoismrmrd siemens_to_ismrmrd ^
-e IsmrmrdParameterMap_Siemens_NX.xsl > "%parameter_maps_dir%\IsmrmrdParameterMap_Siemens_NX.xsl"
)

REM Verificar si el directorio de entrada contiene archivos .dat
if not exist "%input_dir%*.dat" (
echo No se encontraron archivos .dat en el directorio de entrada: %input_dir%
exit /b
)

REM Iterar sobre todos los archivos .dat en el directorio de entrada
for %%f in ("%input_dir%*.dat") do (
REM Extraer el nombre del archivo sin la extensión
set "filename=%%~nf"
echo Procesando archivo %%f...

REM Ejecutar el contenedor Docker y convertir el archivo usando el archivo XSL extraído
docker run --rm ^
    -v "%input_dir%:/input" ^
    -v "%output_dir%:/output" ^
    -v "%parameter_maps_dir%:/parameter_maps" ^
    siemenstoismrmrd siemens_to_ismrmrd ^
    -f "/input/!filename!.dat" ^
    -x "/parameter_maps/IsmrmrdParameterMap_Siemens_NX.xsl" ^
	--skipSyncData ^
    -o "/output/!filename!.mrd"

REM Verificar si la conversión fue exitosa
if exist "%output_dir%\!filename!.mrd" (
    echo Archivo convertido con éxito: !filename!.mrd
) else (
    echo Error al convertir el archivo: !filename!.dat
)

)

echo Conversión completa.
pause

[MauroLeidi]

Hi Cenarius,
I am unsure to understand your point, but yes also in your case the libpugixml1v5 library is included in the second stage and you have a two stage build in your Dockerfile. I just opened the pull request with the minimal change to make it work. I don't need a solution, I have it already.
Thanks